Έκρηξη ηφαιστείου Σαντορίνης
Η μεγάλη έκρηξη της Θήρας

Οι Κυκλάδες είχαν πίσω τους μακρά πορεία ανάπτυξης όταν έγινε η μεγάλη έκρηξη της Θήρας. Ήδη από την 3η χιλιετία π.Χ. οι νησιώτες ταξίδευαν και διακινούσαν μέταλλα, οψιανό και μάρμαρο στο Αιγαίο. Κατά τη 2η χιλιετία οι θαλάσσιες επαφές διευρύνθηκαν: η Φυλακωπή της Μήλου, η Αγία Ειρήνη της Κέας και το Ακρωτήρι της Θήρας εξελίχθηκαν σε σημαντικά λιμάνια, με στενές σχέσεις με την Κρήτη και την ηπειρωτική Ελλάδα. Η έκρηξη, επομένως, βρήκε τις Κυκλάδες σε περίοδο ακμής· δεν ήταν όμως το τέλος της ιστορίας τους, καθώς άλλα κυκλαδικά κέντρα συνέχισαν να αναπτύσσονται.
Το Ακρωτήρι γνώριζε ιδιαίτερη ευημερία. Οι ανασκαφές έχουν αποκαλύψει λιθόστρωτους δρόμους, πολυώροφα κτήρια, αποχετευτικό δίκτυο, αποθήκες και τοιχογραφίες. Τα αντικείμενα που έφθαναν εκεί από άλλες περιοχές μαρτυρούν ότι η πόλη συμμετείχε στα εμπορικά δίκτυα του Αιγαίου και της ανατολικής Μεσογείου. Πριν από την έκρηξη, ένας ισχυρός σεισμός προκάλεσε ζημιές· ίχνη εργασιών και προετοιμασίας για επισκευές δείχνουν ότι οι κάτοικοι προσπάθησαν να αντιμετωπίσουν τις συνέπειές του. Δεν γνωρίζουμε με βεβαιότητα τι απέγιναν όλοι τους, όταν ακολούθησε η ηφαιστειακή δραστηριότητα.
Η μεγάλη έκρηξη έγινε περίπου το 1600 π.Χ., χωρίς να έχει προσδιοριστεί οριστικά το έτος της. Οι επιστήμονες εξετάζουν ραδιοχρονολογήσεις οργανικών καταλοίπων, δακτυλίους δέντρων, πυρήνες πάγου και αρχαιολογικά ευρήματα· τα στοιχεία αυτά επιτρέπουν διαφορετικές, κοντινές μεταξύ τους χρονολογήσεις. Η έκρηξη εξελίχθηκε σε διαδοχικές φάσεις: τέφρα και ελαφρόπετρα εκτοξεύτηκαν στην ατμόσφαιρα, ενώ η επαφή του μάγματος με το νερό προκάλεσε βίαιες εκρήξεις. Πυρακτωμένα υλικά εξαπλώθηκαν στο νησί και στη θάλασσα και η κατάρρευση τμημάτων του ηφαιστείου συνέβαλε στη διαμόρφωση της σημερινής καλντέρας.
Στη Θήρα οι συνέπειες ήταν καταστροφικές. Το Ακρωτήρι θάφτηκε κάτω από τα ηφαιστειακά υλικά· αυτά κατέστρεψαν την πόλη, αλλά ταυτόχρονα διατήρησαν κτήρια, τοιχογραφίες και αντικείμενα της καθημερινής ζωής. Η έκρηξη προκάλεσε επίσης θαλάσσια κύματα που έπληξαν ακτές του Αιγαίου. Στα Μάλια της βόρειας Κρήτης έχουν εντοπιστεί αποθέσεις που συνδέονται με τέτοιο κύμα, χωρίς όμως να προκύπτει ότι αυτό κατέστρεψε το κύριο τμήμα της μινωικής πόλης.
Η έκρηξη επηρέασε σοβαρά τη Θήρα και παράκτιες περιοχές, δεν έχει όμως αποδειχθεί ότι αφάνισε τον μινωικό πολιτισμό. Η παλιά εικόνα μιας μοναδικής φυσικής καταστροφής που έθεσε αμέσως τέλος σε ολόκληρο τον κόσμο του Αιγαίου απλουστεύει όσα δείχνουν τα αρχαιολογικά δεδομένα. Η ζωή και η πολιτισμική δημιουργία συνεχίστηκαν στις υπόλοιπες Κυκλάδες και στην Κρήτη, παρότι η έκρηξη άλλαξε οριστικά τη Θήρα και άφησε το αποτύπωμά της πολύ πέρα από αυτήν.